世纪之交，国家实施了高等教育管理体制改革，作出了加快高等教育发展，扩大高校招生规模的重大决策，我国高等教育进入了一个空前的改革发展时期。1999年1月开始，学校实行了中央与地方共建，以吉林省管理为主的管理体制。

开启新世纪后，学校采取积极措施，加快适应高等教育管理体制的变化，紧紧抓住国家实施教科兴国战略，实现了跨越式发展：全日制在校生人数突破万人；申报成功国家重点学科，实现单科进入“211”；2002年，学校更名为长春理工大学，呈现出继往开来、蓬勃发展的良好态势，向着特色鲜明的高水平教学研究型大学的发展目标迈出了重要一步。