从1998年开始，为配合政府机构改革和职能转变，国家对国务院部门（单位）所属学校集中进行了大规模的调整，确立了中央和省级政府两级办学，以地方统筹管理为主的新的高等教育管理体制。在这次高等教育管理体制改革中，学院的隶属关系发生了深刻变化。1999年1月12日，国务院印发了《关于调整五个军工总公司所属学校管理体制的决定》 （国发 〔1999〕 3号），作出了对航空、航天、兵器、船舶、核工业五个军工总公司所属学校管理体制进行调整的决定。

1999年3月16日，《国务院办公厅转发教育部等部门关于调整五个军工总公司所属学校管理体制的实施意见的通知》（国办发〔1999〕24号）公布，对调整方案、实施办法、实施的组织和步骤作出了明确规定。1999年4月6日至9日，国防科工委会同教育部、国家计委、财政部组织召开了五个军工总公司所属学校管理体制调整工作会议。根据有关文件精神，五个军工总公司向17个省市和国防科工委办理了39所学校（25所高校、14所直属中专）的交接手续。至此，长春光学精密机械学院的管理体制由以中国兵器工业总公司管理为主调整为吉林省与国防科工委共建，以吉林省管理为主。

在这次高等教育管理体制改革过程中，学院经过多方努力，保持全国招生不变，国防科研项目渠道不变，7个专业被列为国家管理的国防特色专业，实现了管理体制改革的平稳过渡。同时，面对高等教育管理体制改革所带来的影响，学院领导班子审时度势，不失时机地确立了“立足吉林、服务国防、寻求机遇、加快发展”的办学思路，在人才培养、科学研究、服务社会等方面，增强了为吉林省和国防科技工业服务的能力与水平。

2000年8月，根据《吉林省人民政府办公厅转发省教育厅等部门制定的关于调整省政府有关部门（单位）所属学校管理体制的实施方案的通知》（吉政办发 〔2000〕 85号），长春建筑材料工业学校并入学院。院长姜会林在干部大会上强调，长春建筑材料工业学校并入长春光学精密机械学院实行实质性并入，同时对并入后的机构设置，原长春建筑材料工业学校的人事、财务、后勤、国有资产管理及教职工的福利待遇等政策进行了说明。他要求，全体干部要充分认识合并是学院改革的重大举措，有利于两校的共同发展；要服从大局，政令统一，步调一致，顺利实施并入的各项工作，共同建设好组合后的长春光学精密机械学院。

长春建筑材料工业学校的并入，使学院新增校园面积 17.59万平方米、建筑面积4.99万平方米、固定资产 3100万元，新增在校生 2458人、教职工287人，扩大了办学空间，增强了办学实力。这是学院抓住高等教育扩招的历史机遇，使办学规模迅速扩大的重要举措。

国家高等教育管理体制改革是历史之势、大势所趋，学院积极响应国家号召，一方面认真贯彻落实党和国家关于高等教育改革发展的一系列方针政策，服从管理体制调整；另一方面紧紧抓住国家实施科教兴国战略、国防科技工业战略重组的历史机遇，凝聚力量，扎实工作，走跨越式发展道路。虽划归吉林省政府管理，但自强不息的长理人立足军工的办学特色没有变，科技报国的情怀没有变，为国担当的初心更没有变。